就甲基化水平和甲基化位置而言，2×和4×的甲基化胞嘧啶mCs 高度相关 (R 2 >0.9)。CG和CHG环境2×和4×的mCs均高度相关，其中CG环境的2×和4×相关系数大于0.9，CHG环境的相关系数在0.85-0.9之间。但是，CHH环境的mCs并不相关（图3）。说明在单碱基水平上，总mCs，mCHG和 mCG的甲基化位置和甲基化水平是高度保守的。

同2×相比，4×总甲基化水平上升的mCs方差贡献率（24.6％）大于降低的mCs（22.3％）。三种环境下，mCHH甲基化水平变化最大，甲基化水平上升和降低的mCHH方差贡献率分别为10％和8.89％，且甲基化水平差异倍数（Fold change）大于2的mCHH方差贡献率超过了2％。CHG环境中，甲基化水平上升和降低的mCHG方差贡献率分别为7.42％和6.87％，甲基化水平差异倍数大于2的mCHG方差贡献率均约为1％。mCG甲基化水平变化最小，甲基化水平升高和降低的mCG方差贡献率分别为7.1％和6.5％，甲基化水平升高和降低倍数大于2的mCG方差贡献率只有0.36％和0.3％。可见2×和4×之间的甲基化组存在较大变异。

在2×和4×之间共鉴定到1.14×10 5个DMRs(差异甲基化区域)，其中CG和CHG环境分别只有41个和6个，表明在全基因组复制过程中，CG和CHG环境DNA甲基化的稳定性。其中位于基因区域的DMRs占比55.3%。同源四倍体（4×）中DMR相关的上调基因，下调基因，无差异基因，不表达基因占比分别为67.51%、66.96%、70.65%和56.19%。

根据DMRs类型，将基因分为四组：高甲基化DMRs相关基因，低甲基化DMRs相关基因，高低甲基化DMR相关基因，无DMR基因，且这四类基因表现出相似的表达模式。与其它3种类型基因相比，在4×上调基因中，基因体区域的低甲基化DMR相关基因的差异倍数（fold change）最大；而在下调基因中，基因体区域的高甲基化DMR相关基因的差异倍数最大。表明在葡萄基因组复制过程中，基因体区域DMRs与基因表达呈负相关。此外，在上游区，下游区和整个基因中，四种类型基因的差异倍数没有区别（图4）。

在4×中，基因体区包含低甲基化或高甲基化DMRs的12个基因表达分别上调或下调4倍以上。其中3个下调基因中，2个基因同时包含高甲基化DMR和低甲基化DMR，1个基因仅包含高甲基化DMR。另外9个上调基因中，6个仅包含低甲基化DMRs，其他3个同时包含低甲基化DMRs和高甲基化DMRs。比如，低甲基化DMR相关基因ACC氧化酶基因（ACO1）在4×中上调表达。

4×在24小时内释放出0.016 µL / g乙烯明显高于2×（0.009 µl / g）（图5A）；脱落酸（ABA）含量较高，但PA含量明显较低（图5C）；而ABA降解基因CYP707A表达下调（图5D）；4×的7种ABA反应基因和SnRK2均上调表达。

4×中10个乙烯反应相关基因表达上调，ROS抵抗相关基因（CAT2-1），病原体相关基因（PR-4和PR-4B），GDSL脂肪酶基因（GLIP1和GLIP2）和碱性几丁质酶基因（HCHIB）均上调表达，这些基因被报道都与乙烯反应有关。

4×组培苗与乙烯反应相关的3个ERF基因和PR-4B基因表达上调（图7）；2×经乙烯处理后，这些基因上调表达（图7A）；而4×经乙烯抑制剂（AVG）处理后，这些基因下调表达（图7B）。有研究表明植物自剪过程中乙烯会诱导离层区的形成，经乙烯处理后，4×的顶芽薄片和顶芽旁边的顶叶基部出现了离层区（AZs），而2×没有（图6），这可能是由于4×内源乙烯含量较高，对外源乙烯的响应阈值较低。

4×基因ACO1表达明显高于2×（图5B），ACO1基因体区域含有低甲基化DMR，基因区的DMRs与基因表达呈负相关，ACO1基因区的低甲基化DMR导致基因表达上调。同源四倍体葡萄ACO1的上调表达可能会增加乙烯释放并发生自剪，因此ACO1在4×葡萄自剪与DAN甲基化有关系。

另外，4个ABA反应基因上调，而CYP707A下调表达；乙烯处理的2×中，4个ABA基因上调，而CYP707A表达下调；相反，AVG处理的4×中，ABA反应基因下调，而CYP707A上调（图7）。已有研究表明乙烯抑制了植物生长素运输，破坏植物生长素信号通路，植物器官脱落过程中ABA活性增加，因此，乙烯的释放可能会减少ABA的降解，增加ABA含量。

4×中，3个生长素转运蛋白基因（AUX1，AVP1和PGP1）和9个生长素应答基因表达量下调，这些基因显著富集在生长素介导的信号传导途径。这9个生长素应答基因，在乙烯处理的2×中下调表达，在AVG处理的4×中上调表达（图7）。4个细胞分裂素基因（2个CYCD3基因，HAT22基因和CRF4基因）均下调表达。研究表明经乙烯处理后CKX的活性增加，细胞分裂素氧化酶基因（CKX5）在4×中显著上调，在乙烯处理2×中上调表达，而在AVG处理的4×中下调表达（图7）。