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目标区域捕获测序(Targeted sequencing) 指利用特制的探针对客户感兴趣的蛋白编码区域DNA或某段特定序列进行捕获、富集后进行高通量测序的基因组研究策略。其优势是区域集中,数据量小,成本较低,深度高和覆盖度广。有选择性(目标序列捕获)的深度测序是目前基因组研究的明智选择。目标区域捕获测序已广泛用于寻找候选区域的未知SNP、InDel及疾病易感位点的研究。
样本要求 |
测序策略 |
交付周期 |
样品类型: 基因组DNA 样品浓度: ≥20 ng/μg(Qubit定量) 样品总量: ≥30μg(3次建库总量,不包括样品检测损Qubit定量) 样品纯度: OD260/280为1.7~2.2 电泳要求: 主带清晰,或轻度降解,无严重RNA、蛋白质污染(距送样日最近的电泳结果) |
测序模式: Hiseq3000/4000 双端测序 ≥ 200-1000X,般疾病或肿瘤研究 ≥ 10000X,ctDNA研究等
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探针定制60天 测序分析60天 |
目标区域测序寻找围产期心肌病的遗传基础
研究背景:
围产期心肌病是发生在妇女分娩前、后,以心肌病变和充血性心力衰竭为主要表现的心脏病变,其发病机制尚不明确。但围产期心肌病的一些临床特征为特发性扩张型心肌病所共有。
研究结果:
在172个围产期心肌病患者中找到26人携带低频和功能丧失性突变,分布在8个基因中。功能丧失性突变在围产期心肌病患者中的发生频率(15%)与扩张型心肌病患者情况(17%)相似,而与正常人群的功能丧失性突变有显著的差异(4.7%)。17人携带TTN基因的截短突变,发生频率远高于正常人群(1.4%),其中有7个TTN基因突变在之前的特发性扩张型心肌病中有所报道。在对83个围产期心肌病患者的后续临床观察发现,TTN截短突变携带者的左心室射血分数显著低于其他患者(P=0.005)。
图1. 围产期心肌病、扩张型心肌病、和正常对照携带的TTN基因突变的分布
研究结论:
功能丧失性突变在大样本围产期心肌病患者中的分布情况与其在特发性扩张型心肌病患者中的明显相似。而TTN截短突变在这两种心肌病中都是最常见的遗传可能病因。
1. Ware J S, Li J, Mazaika E, et al. Shared genetic predisposition in peripartum and dilated cardiomyopathies[J]. New England Journal of Medicine,2016, 374(3): 233-241.