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表观遗传学测序服务

ChIP-seq

发布时间 2017-09-14

　　染色质免疫共沉淀测序（Chromatin Immunoprecipitation Sequencing, ChIP-Seq）是指利用染色质免疫共沉淀技术特异性的富集与目的蛋白结合的DNA 片段，分离纯化出DNA 片段后构建文库并进行高通量测序。通过ChIP-Seq可将测序得到的数百万条序列标签精准的定位到参考基因组上，在全基因组范围内定量获取与组蛋白、转录因子等相互作用的DNA 区域信息，分析疾病相关表观遗传变异。

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样本要求

测序策略

交付周期

样品类型: DNA样品

样品浓度: ≥10ng/μl

样品总量: ≥100ng

测序模式：Hiseq3000/4000(PE150/SE50)

测序深度：10/20M clean reads

60天

　　微起始量建库技术，建库起始量低至5ng；

　　除了标准分析和高级分析，提供定制化分析服务

　　小鼠胚胎干细胞中SETDB1独立调节H3K9三甲基化过程中发育相关基因PRC2活性

　　研究背景：

　　SETDB1是一种负责甲基化H3赖氨酸9(H3K9)的甲基转移酶，并参与维护胚胎干细胞(ES)和早期胚胎发育的小鼠。然而，在发育过程中SETDB1如何调节基因表达，很大程度上是未知的。

　　研究内容：

　　研究首先用ChIP-seq对H3K9me3做了4个重复，结合前人的SETDB1 ChIP-seq 实验数据进行比对，得到了两种SETDB1 peaks位点：solo peaks和ensemble peaks。对solo peaks位点靶基因进行GO分析，发现大部分基因富集在神经发育调节功能中，而这部分基因又与核心蛋白复合体（PRC2）相互关联。PRC2结合位点附近一般伴随着丰富的H3K27me3修饰，H3K27me3修饰会抑制SETDB1修饰H3K9me3。通过SETDB1敲除，发现H3K27me3减少，神经分化得到促进。

　　研究结果：

　　1.研究通过比对先前的SETDB1 ChIP-seq数据，发现peaks有两种类型solo peaks和ensemble peaks；

　　2.SETDB1 solo peaks 靶基因富集在发育调节通路；

　　3.部分SETDB1 solo peaks位点与PRC结合位点重叠；

　　4.H3K27甲基化抑制SETDB1介导的H3K9me3修饰；

　　5.SETDB1与EZH2修饰H3K27甲基化间的相互作用。

　　1. Fei Q, Yang X, Jiang H, et al. SETDB1 modulates PRC2 activity at developmental genes independently of H3K9 trimethylation in mouse ES cells [J]. Genome Research, 2015, 25(9):1325-1335.

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