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DNA测序服务

16S/18S/ITS扩增子测序

发布时间 2017-09-20

　　微生物群落多样性分析是利用二代高通量测序技术，对微生物的16S rDNA、18S rDNA以及ITS高变区域，分析环境中细菌、古细菌以及真菌的种类组成和结构，揭示环境样品中微生物种类以及它们之间的相对丰度、进化关系，进一步探讨微生物多样性；该技术对于研究微生物与人类医疗健康、食品安全、环境检测与治理、微生物资源的利用等有着重要的应用意义。

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样本要求

测序策略

交付周期

样品类型:环境微生物DNA样品

样品浓度: ≥20 ng/μl

样品总量: ≥1 μg

测序模式：Miseq平台，PE250/PE300

测序深度：3~4万tags/样本

45天

　　数据量高：每个样品提供不少于3万tags；

　　项目经验丰富：可提供从采样到分析结果解读的全程服务；

　　分析内容全面：除常规分析外，还提供10多项高级分析内容。

　　微生物群体通过依赖γδT17细胞基质调节肺部肿瘤免疫监测系统

　　研究背景:

　　共生菌作为与生物体共存的“免疫器官”，在维持机体粘膜免疫稳态过程中发挥着极其重要的作用，与多种重大疾病的发生发展关系密切。作为先天和后天免疫系统的桥梁，近年来，越来越多的研究表明γδT17细胞对包括传染性、自身免疫性以及炎症性疾病等在内的诸多疾病均有重要作用。已有研究表明，缺失共生菌的无菌小鼠会出现免疫系统的缺陷，但共生菌在肺粘膜肿瘤免疫监督形成方面的作用还未见报道。共生微生物对维持黏膜组织免疫稳态至关重要，并且共生微生物生态失调会影响宿主的疾病易感性。

　　研究内容:

　　研究选取4至5周大的C57BL/6雌鼠，对16S V4区进行PCR扩增和建库，使用Illumina MiSeq PE250测序。通过 OTU聚类和分析α-多样性，β-多样性，小鼠体重、肺部组织肿瘤形态以及组织切片观察、血清中淋巴细胞数量检测等，探究共生微生物是如何来调节黏膜组织中的免疫监测效率。

图1 共生细菌在抗肿瘤防御过程中发挥重要作用

　　研究结果:

　　1. 抗生素处理后菌群变化：抗生素处理导致小鼠粪便中细菌物种组成发生改变，厚壁菌门和拟杆菌门的丰度降低，变形菌门丰度升高。

　　2. 筛选耐抗生素菌株：抗生素处理组的小鼠粪便中未发现新的耐抗生素的菌株，因此宿主依赖于共生细菌的防御机制不具有物种特异性。

　　3. 肺肿瘤发送与菌群相关性：在抗生素处理的小鼠中，肺脏肿瘤易感性与肺脏γδT17细胞功能显著降低密切相关；菌群缺失可导致肺脏组织中IL-6、IL-23等关键细胞因子水平显著降低，这也被认为是影响肺脏γδT17细胞功能的重要因素。

　　1.Cheng M, Qian L, Shen G, et al. Microbiota modulate tumoral immune surveillance in lung through a γδT17 immune cell-dependent mechanism[J]. Cancer Research, 2014, 74(15):4030-4041.

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