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RNA测序服务

宏转录组测序

发布时间 2017-09-14

　　宏转录组学是一门在整体水平上研究某一特定环境、特定时期群体生物全基因组转录情况以及转录调控规律的学科。宏转录组测序，可原位研究特定生境特定时空下微生物群落中活跃菌种的组成以及活性基因的表达情况。结合理化因素的检测，宏转录组可研究多样本间由于理化等指标的差异，时空上不同微生物群落间活跃成分组成的差异分析。

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样本要求

测序策略

交付周期

样品类型: 环境微生物RNA样品

样品浓度: ≥100 ng/μl

样品总量: ≥4 μg

样品纯度：OD260/280为1.8~2.2，OD260/230为1.8~2.2；28S：18S≥1；RIN≥7

测序模式：Illumina Hiseq PE150

测序深度：6-12G clean data

60天

　　技术优势：采用官方去核糖体试剂盒，可以有效去除rRNA，大大提高有效数据利用率；

　　个性化解决方案：除常规分析外，可提供多项高级分析，为您的项目提供最佳解决方案。

　　人肠道微生物宏基因组和宏转录组的整合研究

　　研究背景：

　　本研究利用受试者自己收集的人体多部位样品，结合表型分类学、宏基因组学和宏转录组（metatranscriptional）谱，进行了第一个人类微生物组的研究。结果详细描述了肠道菌群基因组潜能和基因表达之间的关系，论证了在受试者收集和运输的样品中开展宏转录组研究的可行性。

　　研究结果：

　　自采集的方法对组学研究的影响很小，可提供有代表性的宏基因组和宏转录组数据。

　　以KO数据库为参考，最终得到3,292个DNA和RNA相对丰度，并对DNA和RNA水平进行了关联，结果表明基因和转录本的丰度具有良好的相关性。

　　尽管不同个体间宏基因组的组成保守性较高，但是其在宏转录组水平却有区别，说明存在特异的宏基因组调控模式。

图1. 不同样本处理方法得到相同的物种组成和基因功能分类

　　研究结论:

　　本研究开发出一种新的方法，收集用于基因组和转录组分析的唾液与粪便。该方法不需要专业人员和设施，同时还能保持样品的完整性，将使我们能够不受地理限制，开展纵向研究和大规模的收集研究。这种方法也为消化道微生物组的基因组成和乳糜泻、口腔癌、牙周炎和肥胖症相关的细菌，提供了重要的见解。

　　1. Franzosa E A, Morgan X C, Segata N, et al. Relating the metatranscriptome and metagenome of the human gut[J]. Proc Natl Acad Sci U S A, 2014, 111(22): E2329.

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