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RNA测序服务

环状RNA测序

发布时间 2017-09-14

　　circRNA是最近发现的一类特殊的非编码环状RNA，它大量存在于真核转录组中，主要由pre-mRNA通过可变剪切加工产生。近年研究发现，circRNA具有很多重要的调控功能，典型功能是，circRNA可以作为竞争性内源RNA（ceRNA）结合miRNA，阻断miRNA对靶基因的抑制作用。此外，circRNA还具有调控其他类型RNA 及蛋白质活性等功能。基于高通量测序技术，通过去除rRNA同时去除线性RNA的链特异性文库可一次性获得单碱基分辨率的circRNA序列信息。依托强大的生物信息分析平台，可鉴定已知circRNA，并预测新的circRNA及其靶标。

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样本要求

测序策略

交付周期

样品类型: Total RNA

样品浓度: ≥200 ng/μl

样品总量: ≥10 μg

样品纯度：OD260/280为1.8~2.2，OD260/230为

1.8~2.2；28S：18S≥1；RIN≥7

测序模式：Hiseq3000/4000(PE150)

测序深度：10-16G clean data

60天

　　领先的建库优势：采用主流试剂盒去rRNA，RnaseR去线性RNA构建连特异性文库，获得circRNA信息

　　深度分析：除了常规的circRNA分析，还可与mRNA、miRNA和ceRNA进行互作分析;

　　应用范围广：可以检测几乎任何动植物的环状RNA;

　　环状RNA全覆盖：高深度覆盖，可以检测到低丰度的稀有circRNA

　　circRNA在植物中广泛存在

　　研究背景：

　　circRNA最早在动物中发现，在植物中的关注很少。研究通过已发表的RNA-seq的公共数据，全基因组范围内鉴定水稻和拟南芥中的circRNA，并分析了植物circRNA的结构特点。并比较了circRNA在磷饥饿和正常环境下的表达模式差异。

　　研究内容：

　　研究利用公共数据库中的水稻和拟南芥的RNA-seq数据，鉴定circRNA。通过PCR验证预测的circRNA，对预测的circRNA序列保守性、序列结构分析（内含子、外显子、重复序列）。分析预测的circRNA的表达模式，深入分析了在磷充足和磷饥饿条件下，circRNA的表达模式。

　　研究结果：

　　在水稻中，鉴定了12,037条circRNA，且circRNA主要来源于编码区。PCR验证了水稻中56%预测的circRNA。

　　同源比对，发现水稻和拟南芥circRNA来源基因在其他物种存在同源基因。没有发现circRNA的内含子区域存在保守的motif。

　　circRNA的内含子长度大于线性基因，具有更少的重复序列和反向互补序列。

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图1. 植物中circRNA的特点

　　植物的circRNA具有不同的表达模式，在磷充足和磷饥饿条件下，有27个circRNA差异表达。一些circRNA基因的表达模式和它们的来源基因显著相关。

　　1. Ye C Y, Chen L, Liu C, et al. Widespread noncoding circular RNAs in plants.[J]. New Phytologist, 2015, 208(1):88-95.

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