CLIP-seq，又称为HITS-CLIP，即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing)，是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。其主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外照射下发生耦联，以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀之后，回收其中的RNA片段，经添加接头、RT-PCR等步骤，对这些分子进行高通量测序，再经生物信息学的分析和处理、总结，挖掘出其特定规律，从而深入揭示RNA结合蛋白与RNA分子的调控作用及其对生命的意义。

准确性高：从活细胞交联开始，反应了体内环境下真实的分子间相互作用。

特异性强：紫外辐射不会造成蛋白和蛋白之间的交联，只会鉴定出蛋白和RNA之间的相互作用。

应用范围广：特别适用于研究剪接因子RNA结合图谱、miRNA作用靶点等研究。

研究背景

RNA结合蛋白ZFP36家族可通过结合3’UTR区域AU-rich元件促进mRNA降解和抑制基因表达。在这篇文献中，研究者们发现了ZFP36家族成员ZFP36L1的一项新功能，通过对转录因子IRF8和KLF2的表达抑制，调控多个下游信号转导、细胞黏附和迁移基因的表达，控制边缘区B细胞的生存和特征维持。这项研究展示了RNA结合蛋白如何通过整合转录后调控和转录调控途径，促进细胞特征维持的调控机制。

研究内容

Rebecca Newman及其同事分析了ZFP36L1敲除小鼠的边缘区B细胞的表型和基因表达特征，以及ZFP36L1结合的靶标RNA，详细分析了其中两个靶标基因，IRF8和KLF2在维持边缘区B细胞功能特征中的作用。

研究结果

利用RNA-seq和iCLIP-seq数据，研究者们鉴定了2个在ZFP36L1调控边缘区B细胞特征维持中发挥重要功能的靶标基因，IRF8和KLF2。IRF8和KLF2是两个转录因子，通过对已发表的ChIP-seq数据的分析发现，IRF8和KLF2的靶标基因与受ZFP36L1调控的差异表达基因有显著的重叠，因此ZFP36L1可能通过调控少量重要靶标RNA的表达，控制多个下游基因的转录，从而调控边缘区B细胞特征的维持。

   Newman, R., Ahlfors, H., Saveliev, A., Galloway, A., Hodson, D. J., Williams, R., Turner, M. (2017). Maintenance of the marginal-zone B cell compartment specifically requires the RNA-binding protein ZFP36L1. Nature Immunology, (November 2016). http://doi.org/10.1038/ni.3724