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RNA测序服务

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长链非编码RNA测序

发布时间:2017-09-14      点击数：次

  • 测序介绍
  • 技术路线
  • 技术参数
  • 产品优势
  • 案例解读
  • 参考文献

    lncRNA是一类长度大于200nt，不编码蛋白的RNA，广泛存在于生物体内。lncRNA在多种层面上（表观遗传调控、转录组调控以及转录组调控等）调控基因的表达水平，在生命活动中具有重要作用。lncRNA测序是一种使用特定方法降低样本中rRNA的丰度，对富集到的RNA进行文库构建测序，再对数据进行信息分析的研究方法。lncRNA测序可一次性获得样本中几乎全部的lncRNA信息，对lncRNA的类别、功能进行全方位的深入分析，从而快速全面准确地获得与特定生物学过程（例如发育、疾病等）相关 lncRNA信息。

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    样本要求

    测序策略

    交付周期

    样品类型: Total RNA

    样品浓度: ≥100 ng/μl

    样品总量: ≥5 μg

    样品纯度: OD260/280为1.8-2.2

    OD260/230为1.8-2.2

    RIN≥7

    测序模式：Illumina Hiseq Nova/MGISEQ T7

    PE150/SE50

    测序深度：10G /12G clean data

     

    45天
    性价比高：一个文库即可获得mRNA、lncRNA两种RNA信息；

    全程解决方案：一站式上游测序加下游功能验证与咨询服务；

    全面的服务内容：标准分析，高级分析和多组学关联分析一应俱全。

    玉米中lncRNA的特点及鉴定


    研究背景：

    lncRNA在真核生物中在多层面对基因表达起到重要调控作用，但是目前在玉米中lncRNA的数量、特点和表达的遗传模式在很大程度上仍然是未知的。

    研究内容：

    通过分析玉米EST、全基因组 <http://www.oebiotech.com/RNA_seq.html>、RNA-seq等数据，从中预测到20163个lncRNAs，推测其中90％以上可能是小RNA的前体，1704个为高度可信的lncRNAs。13个不同的组织和105株玉米重组自交系的RNA-Seq数据结果显示，lncRNAs具有较强的组织特异性。本研究提供了一个独特的玉米基因组注释资源和玉米lncRNAs全基因组特征，并利用eQTL分析得到玉米lncRNA表达模式的遗传规律。

    研究结果：

    研究发现高度可信的1704个lncRNAs平均长度463 bp，并且与功能基因相比，lncRNAs所包含的外显子更少，81%只含有一个外显子。

    在13个组织和105个RILs材料中RNA-seq结果显示，这些lncRNAs的50%以上具有组织表达特异性。

    通过eQTL定位分析发现，玉米的lncRNAs更多受到trans调控而非cis调控。

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    图1. lncRNA在玉米的10条染色体的分布

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    图2.玉米种lncRNA eQTL定位情况

    1. Li L, Eichten S R, Shimizu R, et al. Genome-wide discovery and characterization of maize long non-coding RNAs[J]. Genome Biology, 2014, 15(2):R40.