定量蛋白质组学是对一个基因组表达的全部蛋白质或一个复杂混合体系内所有蛋白质进行精确鉴定和定量,可用于筛选任何因素引起的样本之间的差异表达蛋白,结合生物信息学揭示细胞生理病理功能。常用的化学标记方法有 iTRAQ标记和TMT标记,iTRAQ和TMT是分别由美国AB Sciex公司和Thermo公司研发的多肽体外标记定量技术, 采用8种或10种同位素标签,通过特异性标记多肽的氨基酸基团,一次上机可实现8种或10种不同样本中蛋白质的相对定量,是近年来定量蛋白质组学常用的高通量筛选技术。
研究背景
定量分析正常细胞X0和其低氧处理组X1间差异表达蛋白质,采用iTRAQ试剂中114和115标签分别标记X0和X1细胞中抽提的全蛋白,然后混合进行质谱分析。
研究内容
在蛋白定性的同时通过比较114和115标签强度的高低对蛋白进行定量,为下一步功能研究提供候选靶标对象。
研究结果
两次生物学重复共鉴定到7353个蛋白,其中5030个蛋白含有定量信息,并且两次生物学重复具有很好的相关性。随后对差异表达的蛋白进行了一系列生物信息分析,结果如下:

Multiplexed protein quantitation in Saccharomyces cerevisiae using amine-reactive isobaric tagging reagents. Molecular & Cellular Proteomics 2004.
Multiplex peptide stable isotope dimethyl labeling for quantitative proteomics. Nature Protocols 2009.
Widespread proteome remodeling and aggregation in aging C. elegans. Cell 2015.