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RNA测序服务

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环状RNA测序

发布时间:2017-09-14      点击数：次

  • 测序介绍
  • 技术路线
  • 技术参数
  • 产品优势
  • 案例解读
  • 参考文献

    circRNA是最近发现的一类特殊的非编码环状 RNA， 它大量存在于真核转录组中， 主要由 pre-mRNA 通过可变剪切加工产生。基于高通量测序技术， 通过去除rRNA同时去除线性RNA的链特异性文库可一次性获得单碱基分辨率的circRNA序列信息。 依托强大的生物信息分析平台， 可鉴定已知 circRNA，  并预测新的circRNA及其靶标。

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    样本要求

    测序策略

    交付周期

    样品类型: Total RNA

    样品浓度: ≥200 ng/μl

    样品总量: ≥10 μg

    样品纯度：OD260/280为1.8-2.2，OD260/230为

    1.8-2.2；28S：18S≥1；RIN≥7

    测序模式：Illumina Hiseq Nova/MGISEQ T7  PE150

    测序深度：10-18G clean data 

    45天
    领先的建库优势：采用主流试剂盒去rRNA，RnaseR去线性RNA构建连特异性文库，获得circRNA信息；

    深度分析：除了常规的circRNA分析，还可与mRNA、miRNA和ceRNA进行互作分析；

    应用范围广：可以检测几乎任何动植物的环状RNA；

    环状RNA全覆盖：高深度覆盖，可以检测到低丰度的稀有circRNA。
    circRNA在植物中广泛存在

    研究背景：

    circRNA最早在动物中发现，在植物中的关注很少。研究通过已发表的RNA-seq的公共数据，全基因组范围内鉴定水稻和拟南芥中的circRNA，并分析了植物circRNA的结构特点。并比较了circRNA在磷饥饿和正常环境下的表达模式差异。

    研究内容：

    研究利用公共数据库中的水稻和拟南芥的RNA-seq数据，鉴定circRNA。通过PCR验证预测的circRNA，对预测的circRNA序列保守性、序列结构分析（内含子、外显子、重复序列）。分析预测的circRNA的表达模式，深入分析了在磷充足和磷饥饿条件下，circRNA的表达模式。

    研究结果：

    在水稻中，鉴定了12,037条circRNA，且circRNA主要来源于编码区。PCR验证了水稻中56%预测的circRNA。

    同源比对，发现水稻和拟南芥circRNA来源基因在其他物种存在同源基因。没有发现circRNA的内含子区域存在保守的motif。

    circRNA的内含子长度大于线性基因，具有更少的重复序列和反向互补序列。

    QQ图片20170916162752.png

    图1. 植物中circRNA的特点

    植物的circRNA具有不同的表达模式，在磷充足和磷饥饿条件下，有27个circRNA差异表达。一些circRNA基因的表达模式和它们的来源基因显著相关。

    1. Ye C Y, Chen L, Liu C, et al. Widespread noncoding circular RNAs in plants.[J]. New Phytologist, 2015, 208(1):88-95.