在蛋白质组学技术出现之前，蛋白质鉴定是比较困难的。基于质谱的蛋白质组学技术出现之后，蛋白质的鉴定才变得简单、常规。SDS-PAGE电泳得到的条带，如果想要鉴定蛋白，或者确认是否为目的蛋白，都可以通过质谱方法得以实现。此外，蛋白的翻译后修饰位点（如磷酸化、乙酰化、泛素化等）也可以通过该方法进行检测。蛋白样品经过胶内酶解为肽段后，通过电喷雾进入质谱、碎裂后，扫描得到二级质谱图，通过数据库检索就可以得到蛋白的鉴定信息和得分情况。

经济、快速、高产量、应用广泛

研究内容

为了对不同类型小鼠肝脏细胞的蛋白质组进行比较分析，采用密度梯度离心分离纯化了五种肝细胞，利用高通量的非标定量法对这五种不同类型的肝细胞以及三种肝细胞系进行检测，得到了针对小鼠肝脏的目前最全面的蛋白质组学定性、定量数据，为肝脏的分子机制和治疗研究提供了重要参考和线索。

研究结果

   四次生物学重复共定量到11520个蛋白，其中6778个蛋白发生了显著变化，随后对组学定量数据进行了一系列生物信息分析，结果如下：

      Cell-type-resolved quantitative proteomics of murine liver. Cell metabolism 2014.

      Accurate protein complex retrieval by affinity enrichment mass spectrometry (AE-MS) rather than affinity purification mass spectrometry (AP-MS). Molecular & cellular proteomics 2015.