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DNA测序服务

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外显子组测序

发布时间:2017-09-14      点击数：次

  • 测序介绍
  • 技术路线
  • 技术参数
  • 产品优势
  • 案例解读
  • 参考文献

    全外显子组测序（Whole Exome Sequencing，WES）是指利用序列捕获技术将外显子区域DNA进行捕获并富集后进行高通量测序，能够直接发现与蛋白质功能变异相关的遗传变异，虽然外显子区域不到全基因组的2%，但是却集中了大部分疾病的致病突变位点。目前，外显子组测序技术已经应用到寻找与各种复杂疾病相关的致病基因和易感基因的研究中。

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    样本要求

    测序策略

    交付周期

    样品类型：基因组DNA

    样品总量：≥20 ng/μl（Qubit定量）

    样品总量：≥3.0μg（3次建库总量，不包括样品检测损耗，Qubit定量）

    样品纯度：OD260/280为1.7~2.2

    电泳要求：主带清晰，无降解或轻度降解，无严重RNA、蛋白质污染。（距送样日最近的电泳结果）

    测序模式：Illumina Hiseq Nova/MGISEQ  T7  PE150

    测序深度：生殖细胞突变≥100X（10G）；

    体细胞突变≥150X（15G）

     

    60天
    高特异性：采用主流试剂盒，捕获效率稳定，外显子区域覆盖全面，捕获特异性高；
    高性价比：外显子区域功能注释全面，能经济有效发现疾病或形状相关区域，节省科研成本；
    信息有效率高：相比于全基因组测序具有更深覆盖度和数据精度，干扰信息少，易于分析。
    外显子测序解析卵巢早衰的遗传因素

    研究背景：

    卵巢早衰通常是指女性40岁之前闭经，1%的妇女患有此病。该病病因复杂，如感染、外科手术、自身免疫疾病、环境因素和遗传因素等均可导致卵巢早衰。目前至少10~15%的患病个体，被认为受到遗传因素的影响。

    研究内容：

    通过对中东家系（MO1DA）中的1个卵巢早衰患者和1个未患病同胞姐妹（其父母为近亲结婚）进行测序深度为50×的全外显子捕获测序，其中一个患有卵巢早衰（IV-1），另外一个不患此病（IV-3），测序结果发现患者IV-1的7号染色体上有一个大片段的纯合区域，并发现位于7q21.3~22.2内的6个基因发生突变，根据基因的已知功能或表达结构域排除了其中5个基因，最后锁定一个基因--STAG3 发生了移码突变（c.968delC）。通过Sanger测序确认突变与表型（卵巢早衰）共分离，患卵巢早衰的四姐妹均发生了STAG3 纯合突变，而未患病的其他成员没有该突变。利用STAG3突变小鼠，验证了STAG3突变是卵巢早衰的原因。

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    图1. A.MO1DA家系图谱；B.STAG3基因结构（红色箭头代表突变位点）

    研究结果：

    该研究利用外显子测序技术首次在中东家系（MO1DA）的卵巢早衰病人中发现减数分裂基因中的STAG3 基因突变可以导致隐性遗传卵巢早衰，也在小鼠动物模型和卵巢早衰病患中得到证实。

    1. Caburet S, Arboleda V A, Llano E, et al. Mutant cohesin in premature ovarian failure[J]. New England Journal of Medicine, 2014, 370(10): 943-949.