转录组测序分析的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有mRNA的总和。转录组研究是基因功能及结构的基础和出发点，通过新一代高通量测序技术，能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息。转录组测序广泛应用于动植物基础研究、医学临床诊断和药物研发等领域。

激光捕获显微切割玉米组分的RNA-seq鉴定胚乳分化相关的调控模块

研究背景：

胚乳是被子植物中一种可吸收营养的组分，以供胚芽发育或种子萌发。在谷物中胚乳是全球食品、饲料和工业原材料的主要来源。然而，调控胚乳细胞分化的基因网络在很大程度上是未知的。

研究内容：

为了研究胚乳发育过程中基因网络，首先研究了胚乳的5种细胞类型:1种胚芽和4种母系组分的mRNA表达情况。

研究结果:

通过基因共表达网络分析鉴定到了与细胞类型相关的共表达模块，模块内富集了已有研究的一些印记基因和时序活化的基因。深入分析与胚乳传输层相关的模块，鉴定到该模块的关键调控基因MRP-1，它调控胚乳传输层的分化和功能。通过比较发现籽粒和母系组分有着不同的表达模式，并且胚芽和胚乳的糊粉层有着更高的关联性。

这些研究为玉米籽粒不同组分基因活性提供了高分辨率的网络集，有助于主要胚乳细胞类型分化的调控模块的研究。

图1. 不同细胞组分基因表达的PCA分析     图2. 胚乳传输层相关模块的调控网络

1. Zhan J, Thakare D, Ma C, et al. RNA sequencing of laser-capture microdissected compartments of the maize kernel identifies regulatory modules associated with endosperm cell differentiation[J]. Plant Cell, 2015, 27(3)：513-531.