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DNA测序服务

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16S/18S/ITS扩增子测序

发布时间:2017-09-20      点击数：次

  • 测序介绍
  • 技术路线
  • 技术参数
  • 产品优势
  • 案例解读
  • 参考文献

    16S/18S/ITS 等扩增子测序是通过提取环境样品的微生物基因组DNA，选择相应的特异引物扩增 16S/ 18S/ ITS的目标区域，通过检测目标区域的序列变异和丰度， 以研究环境微生物多样性及群落组成差异。 除常规细菌外，还可以定制化检测古细菌、氨氧化古菌、反硝化细菌、固氮菌、亚硝酸盐还原菌、产甲烷菌、甲烷氧化菌、丛枝真菌、植物内生细菌等多种特殊菌群。

    QQ图片20170920143640.png

    样本要求

    测序策略

    交付周期

    样品类型:环境微生物DNA样品

    样品浓度: ≥10 ng/μl

    样品总量: ≥200 ng

    测序模式：Illumina Hiseq，PE250

    35天
    数据量高：每个样品提供不少于3万tags；

    项目经验丰富：可提供从采样到分析结果解读的全程服务；

    分析内容全面：除常规分析外，还提供10多项高级分析内容。
    微生物群体通过依赖γδT17细胞基质调节肺部肿瘤免疫监测系统

    研究背景:

    共生菌作为与生物体共存的“免疫器官”，在维持机体粘膜免疫稳态过程中发挥着极其重要的作用，与多种重大疾病的发生发展关系密切。作为先天和后天免疫系统的桥梁，近年来，越来越多的研究表明γδT17细胞对包括传染性、自身免疫性以及炎症性疾病等在内的诸多疾病均有重要作用。已有研究表明，缺失共生菌的无菌小鼠会出现免疫系统的缺陷，但共生菌在肺粘膜肿瘤免疫监督形成方面的作用还未见报道。共生微生物对维持黏膜组织免疫稳态至关重要，并且共生微生物生态失调会影响宿主的疾病易感性。

    研究内容:

    研究选取4至5周大的C57BL/6雌鼠，对16S V4区进行PCR扩增和建库，使用Illumina MiSeq PE250测序。通过 OTU聚类和分析α-多样性，β-多样性，小鼠体重、肺部组织肿瘤形态以及组织切片观察、血清中淋巴细胞数量检测等，探究共生微生物是如何来调节黏膜组织中的免疫监测效率。

    QQ图片20170920143800.png

    图1 共生细菌在抗肿瘤防御过程中发挥重要作用

    研究结果:

    1. 抗生素处理后菌群变化：抗生素处理导致小鼠粪便中细菌物种组成发生改变，厚壁菌门和拟杆菌门的丰度降低，变形菌门丰度升高。

    2. 筛选耐抗生素菌株：抗生素处理组的小鼠粪便中未发现新的耐抗生素的菌株，因此宿主依赖于共生细菌的防御机制不具有物种特异性。

    3. 肺肿瘤发送与菌群相关性：在抗生素处理的小鼠中，肺脏肿瘤易感性与肺脏γδT17细胞功能显著降低密切相关；菌群缺失可导致肺脏组织中IL-6、IL-23等关键细胞因子水平显著降低，这也被认为是影响肺脏γδT17细胞功能的重要因素。

    1.Cheng M, Qian L, Shen G, et al. Microbiota modulate tumoral immune surveillance in lung through a γδT17 immune cell-dependent mechanism[J]. Cancer Research, 2014, 74(15):4030-4041.