Small RNA 是生物体内一类序列长度在18-30nt，对生命活动具有重要调控作用的小分子RNA，主要包括miRNA、siRNA、piRNA。它们通过与靶mRNA特异性结合来调控靶mRNA的表达，从而在疾病发生和生长发育过程中起着重要的调控作用。小RNA测序是利用高通量测序技术对小RNA进行检测，能快速鉴定出不同组织、不同发育阶段、不同疾病状态下已知和未知的小RNA的表达水平及其表达差异，为研究小RNA的功能及调控机制提供有力的依据。 

（1）使用小RNA测序鉴定猪完整发育阶段的microRNAome

研究背景：

猪由于其个体大小，解剖学，生理学，新陈代谢，病理学以及药理学上与人十分相近，已成为一种重要的研究人类疾病的模式动物，将来有可能成为人类异种移植的重要器官来源。

研究内容:

研究人员收集了猪从胚胎到成年共计10个发育阶段的样品，覆盖了猪发育的全部代表性时期，系统深入地发掘了猪microRNAome图谱。

研究结果:

研究人员对测序得到的猪microRNAome进行了详尽的生物信息学分析，给出了有关miRNA的末端序列变异、miRNA前体结构、染色体定位、特定发育阶段的miRNA表达以及miRNA保守性等详细信息。

图1. 猪保守miRNA（灰色）和特异miRNA（黑色）在每个发育时期的数量比例

（2）利用small RNA 测序技术分析鉴定小立碗藓的siRNA形成机制

研究背景：

多数植物的small RNA是在序列上特异性靶向mRNA的负调控子。在被子植物中，具有两种含量非常丰富的內源性small RNA分子，分别是长度约21 nt的miRNAs和24 nt的siRNAs，其中siRNAs来源于重复序列，能增强靶向位点的DNA甲基化程度。但在其他陆地植物中，siRNAs特性还不明晰。

研究内容:

为了分析小立碗藓的miRNAs和siRNAs特性，研究人员利用small RNA 测序结合WGBS技术检测小立碗藓的野生型和突变体，鉴定小立碗藓的siRNAs和miRNAs特征表达谱，并分析了siRNAs形成位点与甲基化 的关系，结果表明：mDCL参与了小立碗藓內源siRNAs形成，促进23 nt的siRNAs富集；虽然siRNAs对其形成区域DNA甲基化 的改变很小，但抑制了体内LTR逆转录相关基因的表达。

研究结果:

分析鉴定1090个可以形成长度23-24 nt siRNAs的位点，这些位点绝大多数在DNA甲基化 富集的基因间区。

新的miRNA 注释方法鉴定获得130个miRNAs，其中112个是已知的、3个是已知miRNA家族的新成员、15个来源于新的

miRNA家族；比较新老注释方法，发现两种注释方法共同分析获得的有114个miRNA s。

对小立碗藓的mdcl突变体分析发现，mDCL参与了小立碗藓的內源siRNA形成，促进23 nt的siRNAs富集。

经过WGBS分析显示，尽管小立碗藓的內源siRNA对形成区域的DNA甲基化 改变很小，但抑制了体内LTR逆转录相关基因的表达。

图1. 比较在denovo_map.pl 和 ref_map.pl SNPs的差异