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DNA测序服务

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目标区域捕获测序

发布时间:2017-09-14      点击数:

  • 测序介绍
  • 技术路线
  • 技术参数
  • 产品优势
  • 案例解读
  • 参考文献

    目标区域捕获测序(Targeted  sequencing)指利用特制的探针对客户感兴趣的蛋白编码区域 DNA或某段特定序列进行捕获、富集后进行高通量测序的基因组研究策略。其优势是区域集中,数据量小,成本较低,深度高和覆盖度广。有选择性(目标序列捕获)的深度测序是目前基因组研究的明智选择。目标区域捕获测序已广泛用于寻找候选区域的未知SNP、InDel及疾病易感位点的研究。

    QQ图片20170920142301.png

    样本要求

    测序策略

    交付周期

    样品类型: 基因组DNA

    样品浓度: ≥20 ng/μg(Qubit定量)

    样品总量: ≥3μg(2次建库总量,不包括样品检测损耗,Qubit定量)

    样品纯度: OD260/2801.7-2.2

    电泳要求: 主带清晰,或轻度降解,无严重RNA、蛋白质污染(距送样日最近的电泳结果)

    测序模式: Illumina Hiseq Nova/MGISEQ T7  PE150

    测序深度:  ≥200-1000X,一般疾病或肿瘤;≥10000X,ctDNA研究等

    探针定制15

    测序分析30

    高性价比:针对感兴趣的区域及相关基因进行研究,非常适合大样本量及高测序深度的研究;

    高精确度:针对特定区域的研究,得到更深的覆盖度和更高的数据准确性,更易检测罕见变异;

    多平台选择:针对高复杂度、多重复目标区域。
     

    目标区域测序寻找围产期心肌病的遗传基础


    研究背景:


    围产期心肌病是发生在妇女分娩前、后,以心肌病变和充血性心力衰竭为主要表现的心脏病变,其发病机制尚不明确。但围产期心肌病的一些临床特征为特发性扩张型心肌病所共有。


    研究结果:


    在172个围产期心肌病患者中找到26人携带低频和功能丧失性突变,分布在8个基因中。功能丧失性突变在围产期心肌病患者中的发生频率(15%)与扩张型心肌病患者情况(17%)相似,而与正常人群的功能丧失性突变有显著的差异(4.7%)。17人携带TTN基因的截短突变,发生频率远高于正常人群(1.4%),其中有7个TTN基因突变在之前的特发性扩张型心肌病中有所报道。在对83个围产期心肌病患者的后续临床观察发现,TTN截短突变携带者的左心室射血分数显著低于其他患者(P=0.005)。


    QQ图片20170920142513.png


    图1. 围产期心肌病、扩张型心肌病、和正常对照携带的TTN基因突变的分布


    研究结论:


    功能丧失性突变在大样本围产期心肌病患者中的分布情况与其在特发性扩张型心肌病患者中的明显相似。而TTN截短突变在这两种心肌病中都是最常见的遗传可能病因。

    1. Ware J S, Li J, Mazaika E, et al. Shared genetic predisposition in peripartum and dilated cardiomyopathies[J]. New England Journal of Medicine,2016, 374(3): 233-241.