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DNA测序服务

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全基因组测序

发布时间:2017-09-14      点击数:

  • 测序介绍
  • 技术路线
  • 技术参数
  • 产品优势
  • 案例解读
  • 参考文献

    全基因组测序(Whole  Genome  Sequencing,WGS), 是对全基因组进行测序扫描, 能在全基因组范围内解读所有常见和稀有变异信息, 进行单核苷酸多态位点 (Single  Nucleotide  Polymorphisms,SNP)、插入缺失位点(Insertion Deletion,InDel)、结构变异(Structure Variation,SV)以及拷贝数变异(Copy  Number Variation,CNV)深度挖掘,进而全面揭示基因组突变类型与染色体重排事件,对疾病机理研究、 药物靶点筛选等具有指导意义。 应用范围涉及临床医药研究、 群体遗传学研究、 关联分析、进化分析等众多领域。

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    样本要求

    测序策略

    交付周期

    样品类型: 基因组DNA

    样品浓度: ≥20 ng/μl(Qubit定量)

    样品总量: ≥3μg(2次建库总量不包括样品检测损耗,Qubit定量)

    样品纯度: OD260/2801.7-2.2

    电泳要求: 主带清晰无降解或轻度降解无严重RNA、蛋白质污染(距送样日最近的电泳结果)

    测序模式Illumina Hiseq Nova/MGISEQ T7 PE150

    测序深度:≥30X

     

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    准确性高:采用Illumina Hiseq平台,一次测序得到百万级别以上条数的序列信息,从几个到几十万个拷贝的精确计数;
    检测范围广:可检测单核苷酸多态性(SNP)、插入缺失(InDel)、结构变异(SV)、拷贝数变异(CNV)等多种变异,相比芯片,可检测新的变异序列;
    成本低耗时短:与人类全基因组从头测序相比,耗时更短、成本更低。
    基因组变异图谱揭示栽培稻的起源

    研究背景:

    栽培稻是人类最重要的粮食作物之一,从野生水稻驯化而来已经有几千年的历史,栽培稻是人类历史最重要的发展之一,大大促进了人类文明的发展,但其起源与驯化过程一直饱受争议。

    研究内容:

    本研究以水稻作为主要的研究材料,对446种不同地域的野生水稻和1083种栽培粳稻与籼稻品种进行了全基因组测序,构建了一个比较全面的水稻基因组结构变异图谱,揭示了栽培粳稻与籼稻的驯化与起源过程,为水稻的分子育种提供了重要的遗传资源,同时也为作物驯化研究提供重要的基因组学方法。

    QQ图片20170920143025.png

    图1. 栽培稻的驯化和起源

    研究结果:

    1. 基于全基因组测序,NJ树和PCA分析,446份不同地区的野生水稻可以分为Or-I,Or-II和Or-III三种类型,且分类与地理分布存在很强的相关性;

    2. 对1083份栽培粳稻与籼稻的重测序分析发现,栽培粳稻和籼稻分别起源于Or-I和Or-III;

    3. 粳稻的驯化起源早于籼稻。

    1. Huang X, Kurata N, Wei X, et al. A map of rice genome variation reveals the origin of cultivated rice[J]. Nature, 2012, 490(7421):497-501.