全基因组测序(Whole Genome Sequencing,WGS), 是对全基因组进行测序扫描, 能在全基因组范围内解读所有常见和稀有变异信息, 进行单核苷酸多态位点 (Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)、插入缺失位点(Insertion Deletion,InDel)、结构变异(Structure Variation,SV)以及拷贝数变异(Copy Number Variation,CNV)深度挖掘,进而全面揭示基因组突变类型与染色体重排事件,对疾病机理研究、 药物靶点筛选等具有指导意义。 应用范围涉及临床医药研究、 群体遗传学研究、 关联分析、进化分析等众多领域。
样本要求
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测序策略
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交付周期
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样品类型: 基因组DNA
样品浓度: ≥20 ng/μl(Qubit定量)
样品总量: ≥3μg(2次建库总量,不包括样品检测损耗,Qubit定量)
样品纯度: OD260/280为1.7-2.2
电泳要求: 主带清晰,无降解或轻度降解,无严重RNA、蛋白质污染(距送样日最近的电泳结果)。
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测序模式:Illumina Hiseq Nova/MGISEQ T7 PE150
测序深度:≥30X
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45天
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准确性高:采用Illumina Hiseq平台,一次测序得到百万级别以上条数的序列信息,从几个到几十万个拷贝的精确计数;
检测范围广:可检测单核苷酸多态性(SNP)、插入缺失(InDel)、结构变异(SV)、拷贝数变异(CNV)等多种变异,相比芯片,可检测新的变异序列;
成本低耗时短:与人类全基因组从头测序相比,耗时更短、成本更低。
基因组变异图谱揭示栽培稻的起源
研究背景:
栽培稻是人类最重要的粮食作物之一,从野生水稻驯化而来已经有几千年的历史,栽培稻是人类历史最重要的发展之一,大大促进了人类文明的发展,但其起源与驯化过程一直饱受争议。
研究内容:
本研究以水稻作为主要的研究材料,对446种不同地域的野生水稻和1083种栽培粳稻与籼稻品种进行了全基因组测序,构建了一个比较全面的水稻基因组结构变异图谱,揭示了栽培粳稻与籼稻的驯化与起源过程,为水稻的分子育种提供了重要的遗传资源,同时也为作物驯化研究提供重要的基因组学方法。
图1. 栽培稻的驯化和起源
研究结果:
1. 基于全基因组测序,NJ树和PCA分析,446份不同地区的野生水稻可以分为Or-I,Or-II和Or-III三种类型,且分类与地理分布存在很强的相关性;
2. 对1083份栽培粳稻与籼稻的重测序分析发现,栽培粳稻和籼稻分别起源于Or-I和Or-III;
3. 粳稻的驯化起源早于籼稻。
1. Huang X, Kurata N, Wei X, et al. A map of rice genome variation reveals the origin of cultivated rice[J]. Nature, 2012, 490(7421):497-501.